Viện được thành lập vào ngày 14-9-1922 với tên ban đầu là Sở Hải Dương Học Nghề Cá Đông Dương (Service océanographique des pêches de l’Indochine).

Năm 1930, được nâng cấp lên thành Viện Hải dương học Đông Dương (Institut océanographique de l’Indochine).

Năm 1952, đổi tên thành Hải học viện Nha Trang (L'Institut Océanographique de Nha Trang).